Das Kloster wurde vermutlich im 6. Jahrhundert unter dem byzantinischen Kaiser Justinian gegründet und den Vierzig Märtyrern von Sebaste geweiht, frühen Christen, die für ihren Glauben starben. Seine Basilika war die größte ihrer Art in der Region, mit Krypten und unterirdischen Kapellen. Im Mittelalter ging der Name Agioi Saranta, „Vierzig Heilige“, auf die nahe Küstenstadt Onchesmos über, aus der schließlich Saranda wurde.
Die Stätte wurde im Laufe der Jahrhunderte wiederholt zerstört. Im Zweiten Weltkrieg schwer beschädigt, in kommunistischer Zeit abgerissen und danach bis 1997 als Militärstützpunkt genutzt, wurde sie seither von Archäologen weitgehend vom Schutt befreit. Dabei kamen die Krypten zum Vorschein, in denen Spuren früher Wandmalereien erhalten sind, und es folgten Konservierungsarbeiten.
Besucher kommen wegen der Atmosphäre und der Aussicht: Vom Hügel blicken Sie über Saranda, die Bucht und über das Wasser bis nach Korfu. Ein lohnender kurzer Ausflug von der Stadt aus, besonders gegen Sonnenuntergang.
