El edificio actual es moderno. Se construyó en 1994-1995 en el lugar de la antigua mezquita de Fushë Çela, un histórico centro de enseñanza islámica con su propia madraza, que fue destruida durante la época comunista. La financió el empresario saudí jeque Zamil Abdullah Al-Zamil, y la nueva mezquita, que lleva el nombre de Abu Bakr, el primer califa, se inauguró el 27 de octubre de 1995. Se renovó en 2008.
Fíjate en los dos minaretes gemelos, de algo más de 41 metros cada uno, que se alzan junto a la gran cúpula central. En el interior, la sala de oración decorada puede acoger a unos 1.300 fieles. Los visitantes son bienvenidos después de las horas de oración; viste con discreción, quítate los zapatos antes de entrar y respeta a quienes estén rezando.
Fácil de combinar con un paseo por el centro, la mezquita Ebu Bekr cuenta la historia del renacer de la vida religiosa en Shkodër tras la caída del comunismo.
