Le bâtiment actuel est moderne. Il fut construit en 1994-1995 à l'emplacement de l'ancienne mosquée de Fushë Çela, un centre historique d'enseignement islamique doté de sa propre médersa, détruite à l'époque communiste. Le financement vint de l'homme d'affaires saoudien cheikh Zamil Abdullah Al-Zamil, et la nouvelle mosquée, nommée d'après Abou Bakr, le premier calife, fut inaugurée le 27 octobre 1995. Elle a été rénovée en 2008.
Remarquez les deux minarets, hauts chacun d'un peu plus de 41 mètres, qui s'élèvent à côté de la grande coupole centrale. À l'intérieur, la salle de prière décorée peut accueillir environ 1 300 fidèles. Les visiteurs sont les bienvenus après les heures de prière ; portez une tenue correcte, retirez vos chaussures avant d'entrer et respectez les personnes en prière.
Facile à combiner avec une promenade dans le centre, la mosquée Ebu Bekr raconte le renouveau de la vie religieuse à Shkodër après la chute du communisme.
