האוסף שלו מכסה את ההיסטוריה הארוכה של האזור, מיישובים פרהיסטוריים ועד ימי הביניים: צלמיות וכלי חרס מהתקופה הנאוליתית, ממצאים מאתרים מקדוניים עתיקים, פאוניים ורומיים, תכשיטים, מטבעות, פיסול וחפצים נוצריים קדומים.
התצוגות פרושות על פני כמה קומות, עם שחזורים של קברים וגלריות מוארות היטב, והן נותנות סקירה טובה לפני או אחרי ביקור באתרים ארכאולוגיים כמו סטובי או הרקליאה לינקסטיס.
המוזיאון פונה לצד העות'מאני הישן של העיר: גשר להולכי רגל המעוטר בפסלים מקשר אותו לכיכר מקדוניה, וגשר האבן, הבזאר הישן ומבצר סקופיה נמצאים כולם במרחק כמה דקות הליכה.
