La sua collezione abbraccia la lunga storia della regione, dagli insediamenti preistorici al Medioevo: statuette e ceramiche neolitiche, reperti da siti macedoni antichi, peoni e romani, gioielli, monete, sculture e oggetti paleocristiani.
Le esposizioni si sviluppano su diversi piani, con ricostruzioni di tombe e sale ben illuminate che ne fanno una buona panoramica prima o dopo la visita di siti archeologici come Stobi o Heraclea Lynkestis.
Il museo guarda verso la parte vecchia ottomana della città: un ponte pedonale fiancheggiato da statue lo collega a piazza Macedonia, e il Ponte di Pietra, il Vecchio Bazar e la Fortezza di Skopje sono tutti a pochi minuti a piedi.
