现在的建筑是现代建筑。它于1994至1995年间建在旧富舍切拉清真寺（Fushë Çela）的原址上；旧清真寺是一座历史悠久的伊斯兰学术中心，附设伊斯兰学校，在共产主义时期被毁。建设资金来自沙特商人谢赫扎米勒·阿卜杜拉·扎米勒（Sheikh Zamil Abdullah Al-Zamil），这座以第一任哈里发阿布·伯克尔命名的新清真寺于1995年10月27日落成，2008年经过翻修。
请留意大中央穹顶旁耸立的双宣礼塔，每座高41米有余。寺内装饰精美的礼拜大厅可容纳约1,300名信众。礼拜时间之后欢迎游客参观；请着装得体，入内前脱鞋，并注意不要打扰正在礼拜的人。
参观埃布·贝克尔清真寺很容易与市中心漫步结合起来，它讲述了共产主义垮台后斯库台宗教生活复兴的故事。
