Le monastère fut probablement fondé au VIe siècle, sous le règne de l'empereur byzantin Justinien, et dédié aux Quarante Martyrs de Sébaste, des premiers chrétiens morts pour leur foi. Sa basilique était la plus grande de ce type dans la région, avec des cryptes et des chapelles souterraines. Au Moyen Âge, le nom Agioi Saranta, « Quarante Saints », passa à la ville côtière voisine d'Onchesmos, qui devint finalement Sarandë.
Le site a été détruit à maintes reprises au fil des siècles. Il fut gravement endommagé pendant la Seconde Guerre mondiale, démoli à l'époque communiste puis utilisé comme base militaire jusqu'en 1997. Les archéologues ont depuis dégagé une grande partie des décombres, révélant les cryptes, où subsistent des traces de peintures murales anciennes, et des travaux de conservation ont suivi.
Les visiteurs viennent pour l'atmosphère et les vues : du sommet, le regard embrasse Sarandë, la baie et, de l'autre côté de l'eau, Corfou. C'est une courte excursion gratifiante depuis la ville, surtout à l'approche du coucher du soleil.
