המבנה הנוכחי מודרני. הוא נבנה ב-1994–1995 במקום מסגד פושה צ'לה הישן, מרכז היסטורי ללימוד האסלאם עם מדרסה משלו, שנהרס בתקופה הקומוניסטית. המימון הגיע מאיש העסקים הסעודי שייח' זאמיל עבדאללה אל-זאמיל, והמסגד החדש, הנקרא על שם אבו בכר, הח'ליף הראשון, נחנך ב-27 באוקטובר 1995. הוא שופץ ב-2008.
שימו לב לשני הצריחים, כל אחד בגובה של קצת יותר מ-41 מטר, המתנשאים לצד הכיפה המרכזית הגדולה. בפנים, אולם התפילה המעוטר יכול להכיל כ-1,300 מתפללים. מבקרים מוזמנים אחרי זמני התפילה; התלבשו בצניעות, חלצו נעליים לפני הכניסה והתחשבו במי שמתפלל.
קל לשלב אותו עם הליכה במרכז העיר, ומסגד אבו בכר מספר את סיפור התחייה של החיים הדתיים בשקודרה לאחר נפילת הקומוניזם.
