הכנסייה נבנתה בשלושה שלבים. החלק המזרחי, העתיק ביותר, הוא מסוף המאה ה־10 או מתחילת המאה ה־11, החלק המרכזי נוסף באמצע המאה ה־13 בידי הסבסטוקרטור קלויאן ורעייתו דסיסלבה, וההרחבה המערבית היא מאמצע המאה ה־19. את תהילתה חבה הכנסייה בעיקר לציורי הקיר מ־1259, שצוירו בידי אמנים אלמונים על גבי שכבה מוקדמת יותר ונחשבים מהדוגמאות השלמות והשמורות ביותר לאמנות ימי הביניים בבלקן.
בפנים יכולים המבקרים לראות כ־240 דמויות מצוירות, רבות מהן חיות להפליא. בין גולות הכותרת: דיוקנאות התורמים קלויאן ודסיסלבה, הדיוקנאות של הצאר קונסטנטין טיך והצארינה אירינה, ו־18 הסצנות מחייו של ניקולאוס הקדוש. כדי להגן על הציורים, הטמפרטורה נשמרת נמוכה והביקורים מפוקחים בקפידה, כך שזמן השהייה בפנים מוגבל. הכנסייה ניצבת בגן שקט ומוריק.
קל לשלב אותה בטיול לוויטושה, וכנסיית בויאנה היא חובה לכל מי שמתעניין באמנות ובהיסטוריה.
