L'edificio attuale è moderno. Fu costruito nel 1994–1995 sul sito della vecchia Moschea di Fushë Çela, storico centro di studi islamici con una propria madrasa, distrutta durante l'epoca comunista. I fondi arrivarono dall'imprenditore saudita Sheikh Zamil Abdullah Al-Zamil, e la nuova moschea, intitolata ad Abu Bakr, il primo califfo, fu inaugurata il 27 ottobre 1995. È stata rinnovata nel 2008.
Osserva i due minareti, alti ciascuno poco più di 41 metri, che si innalzano accanto alla grande cupola centrale. All'interno, la sala di preghiera decorata può accogliere circa 1.300 fedeli. I visitatori sono benvenuti dopo gli orari di preghiera; vestiti in modo sobrio, togliti le scarpe prima di entrare e rispetta chi sta pregando.
Facile da abbinare a una passeggiata in centro, la Moschea Ebu Bekr racconta la rinascita della vita religiosa a Scutari dopo la caduta del comunismo.
