El monasterio se fundó probablemente en el siglo VI, durante el reinado del emperador bizantino Justiniano, y estaba dedicado a los Cuarenta Mártires de Sebaste, primeros cristianos que murieron por su fe. Su basílica era la más grande de su tipo en la región, con criptas y capillas subterráneas. En la Edad Media, el nombre Agioi Saranta, “Cuarenta Santos”, pasó a la cercana ciudad costera de Onchesmos, que acabó convirtiéndose en Sarandë.
El lugar sufrió repetidas destrucciones a lo largo de los siglos. Resultó muy dañado durante la Segunda Guerra Mundial, fue demolido en la época comunista y después se usó como base militar hasta 1997. Desde entonces, los arqueólogos han retirado gran parte de los escombros y han sacado a la luz las criptas, donde se conservan restos de pinturas murales antiguas, y se han hecho trabajos de conservación.
Los visitantes vienen por el ambiente y las vistas: desde lo alto de la colina se ve Sarandë, la bahía y, al otro lado del agua, Corfú. Es una excursión corta que merece la pena desde la ciudad, sobre todo hacia la puesta de sol.
